Ympärivuorokautinen perhekuntoutus tarjoaa vahvaa tukea perheille tilanteissa, joissa kotiin vietävä tuki ei ole riittävää. Perhekuntoutustyö on muun muassa perheiden arjen vakauttamista, vanhemmuuden tukemista sekä perheen sisäisten vuorovaikutussuhteiden vahvistamista. Kuntoutusjakson sisältö räätälöidään perheen tuen tarpeiden mukaan.
Merikratoksella on kaksi perhekuntoutusyksikköä: Kajo (Lieto) ja Luotsi (Mikkeli). Kummassakin yksikössä on neljä perhepaikkaa, joista kolme on perhekuntoutusta ja yksi ensikotipalvelua varten. Ensikotipalvelu on tarkoitettu vauvaperheille, jotka tarvitsevat vanhemmuuteen ja arjen hallintaan vahvaa ja tiivistä tukea. Jakso voi alkaa jo ennen vauvan syntymää ja sen tavoitteena on tarjota turvallinen alku vanhemmuuden alkutaipaleella.
Perhekuntoutuskeskukset Kajo ja Luotsi on suunniteltu juuri perhekuntoutuksen tarpeita vastaaviksi. Rakentaminen toteutettiin Joutsenmerkin kriteerien mukaisesti ja sisäilmaturvallisesti. Rakennukset on suunniteltu niin, että jokaisella perheellä on oma asuntonsa, jotta olosuhteet ja elämä olisivat mahdollisimman paljon oman kodin kaltaisia. Näin arjen todelliset solmukohdat tulevat parhaiten näkyviin ja niitä voidaan ratkoa yhdessä uusia toimintamalleja etsien.
Omat asunnot ja oma tila mahdollistavat erilaisista kulttuurisista taustoista tulevien asiakkaiden samanaikaisen oleskelun yksikössä sekä ensikotivanhempien oman rauhan. Vaikka asunnot on suunniteltu niin, että jokaisella perheellä on oma rauhansa, on niihin käynti laitoksen yhteisistä tiloista ja henkilökunta on ympärivuorokautisesti paikalla ja perheiden käytettävissä.