Merikratoksella on toimipisteitä Etelä-Savossa, Pohjois-Karjalassa ja Varsinais-Suomessa

Kukin toimipiste palvelee sijaintipaikkakuntansa ohella kattavasti myös ympäristökuntiaan / -kaupunkejaan. Etelä-Savossa sijaitsee ympärivuorokautinen perhekuntoutuskeskus Luotsi ja Varsinais-Suomessa puolestaan ympärivuorokautinen perhekuntoutuskeskus Kajo sekä kolme sijaishuoltoyksikköä (Aapeluskodit).